洪荒时代洪水滔天肆虐，鲧为治水以身殉难，大禹继承父辈遗志，摒弃壅堵之法，以疏导之策平息漫天洪患。应龙、相柳、无支祁等山海异兽相继登场，故事交织父子薪火、涂山氏相伴相守、鏖战水妖等经典桥段。大禹奔走九州大地，疏通江河水道，降服作乱凶兽，铸造九鼎划定华夏疆土，诠释顺势而为舍身安民的精神，铺展气势雄浑的上古山海神话画卷。

故事围绕九尾狐三生三世的千年宿命与定海神针展开。远古青丘，九尾白狐女娇遵师嘱入世，邂逅治水的大禹，凭龙族信物借出东海定海神针，助夫君镇压作乱蛟龙、平定洪荒水患，二人结为夫妻。为保全大禹圣王名望，女娇自愿被封印轩辕坟千年。 封印松动后，女娇受女娲之命附身苏妲己入商宫，奉命惑乱殷商气运，却在世事裹挟下酿成惨祸，残害众多忠臣，最终于斩妖台遭杨戬、哪吒等人围剿身死，幸得太上老君收留一缕残魂。 三千年岁月流转，残魂凝形化作平顶山莲花洞老狐，抚养老君下凡的金角、银角二童子。唐僧师徒西行途经此地，孙悟空手持当年女娇借出

洪水连年侵袭村落，少年大禹起初堵水失败，偶遇河伯知晓治水真谛。他联合阿瑶、小应龙与一众奇遇伙伴，对抗不断制造洪灾的水魔无支祁。众人翻山越岭开凿河道、打通险关，集结各大部落齐心协力疏通水系。最终大禹智取无支祁，化解水患，让江河归道，九州重归太平。